在探索《口袋妖怪》叶绿宝石的奇妙旅程中，你已成功通关一次，并捕获了超过60种精灵的壮举，为了解锁更广阔的冒险，你前往博士处升级图鉴至386版，随后乘船前往之一小岛的火焰山，在山中的秘密洞穴里，你需要运用秘传机04——怪力，推动巨石，才能深入洞穴核心,最终获得珍贵的红宝石。
带着这份荣耀，你返回1号岛的PC中心，将红宝石交给博士，换取了通往其他岛屿的船票，你的脚步并未停歇，继续向6号岛进发，在6号岛的PC中心，你意外邂逅了小茂，并从岛民的口中得知了一个未解之谜：小岛南面有一扇紧闭的门,似乎隐藏着什么秘密。
你来到门前，仔细观察那些神秘的象形文字，经过一番研究，你发现只有使用“斩树”技能才能开启这扇门，你小心翼翼地按照指示（上、左、右、下）深入探索，最终在洞穴的最深处发现了那块蓝宝石——但就在你触手可及之时，一名火箭队的研究员突然出现,抢走了它。
为了追回这颗失落的蓝宝石，你决定返回5号岛，潜入火箭队的研究所，在一番激烈的战斗后，你成功击败了研究员，夺回了蓝宝石，带着这份胜利的果实，你再次回到1号岛的PC屋,将蓝宝石交还给博士。
博士感激你的贡献，不仅修理了通讯机器，还让你能够与其他版本的《口袋妖怪》以及NGC的竞技场进行通讯，这一刻，你仿佛站在了整个《口袋妖怪》世界的中心,准备迎接更多未知的挑战和奇妙的邂逅。
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