在《孤胆 *** 2》这款游戏中，存在两种不同的结局路径。
在之一个结局中,玩家若选择将磁碟交给贝克将军，这位野心勃勃的将军会企图独自控制怪物以巩固自己的权力，但最终却落得被杀的下场，导致地球走向灭亡，游戏随之结束，这一结局充满了对权力腐败与灾难性后果的深刻反思。
而在第二个结局中,玩家选择无视贝克将军的命令并深入洞穴，他们首先与贝克将军展开对决并成功将其击败，随后，一个强大的最终BOSS出现，它拥有变形和发射离子炮的强大能力，但同样难逃被玩家击败的命运，在击败BOSS后，玩家会发现地图最左上角隐藏着一条小路，沿着这条小路可以找到被俘虏的女计算机专家，由于磁碟已被破坏，无人知晓如何再控制怪物，失去领导力量的怪物逐渐被打散，最终被人类全部消灭，这一结局展现了人类在面对未知威胁时的勇气与智慧，以及对科技滥用后果的深刻警醒。
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