萨迦南寺的正殿内，大小佛像难以计数。此中尤以释迦牟尼、弥勒、文殊、 持金刚(密宗谓释迦牟尼讲说密法时所现身相），及萨迦派历代法王像和灵塔最引 人瞩目。释迦牟尼像与不焚文殊像之间，还有三尊小像，死后亦有华美繁复的镀金铜背光，此乃“萨迦五祖”中的前三位祖师，俗称“白衣三祖”。
萨迦派不断 以昆氏家族为中心。昆氏既为萨迦处所的封建农奴主，又是吐蕃王朝的贵族，那 个家族的第7代子孙贡却杰布，是西藏汗青上第一批被派到桑耶寺落发的七僧人 之一，而且创建了萨迦北寺和萨迦教派。但其时其教法尚不完整，所建寺庙也很简陋，故未广传。
贡却杰布的儿子贡噶宁布自幼随父学法，并游历各地，广拜名 师，遍学释教显密二宗教义，恰是他完美了萨迦派的道果传授法，并从此自成体 系，实正构成了萨迦派。贡噶宁布也由此获“萨钦”（萨迦巨匠)称号，被后世尊为 萨迦五祖中的第一祖。贡嘎宁布的次子索南孜莫继承父志，广收门徒，被誉为萨 迦五祖的第二祖。
第三祖则是索南孜莫的弟弟托巴坚赞，即贡噶宁布的三儿子。第四祖萨班。贡噶坚赞，是贡噶宁布的孙子。第五祖是萨班的侄子八思巴。萨迦派初创人贡却杰布从一起头就决定宗教法位以家族相传的形式向下延 续。因而，萨迦五祖中，前三祖现实均未落发，都娶妻荫子，所以凡是被称为“白衣三祖”或“萨迦三白”；后二祖落发持戒，未曾娶妻，称“红衣二祖”或 “萨迦二红”。
“萨迦二红”的萨班和八思巴都是我国汗青上有名的人物。萨班。贡噶坚赞原名贝丹敦珠，意为“不祥义成”，精通大、小五明(声明、工巧明、医方明、因 明和内明为大五明，诗词、韵律、修辞、歌舞、星算为小五明），故得“萨迦班鲁 达”（意为萨迦智者)称号，简称“萨班”。
他是西藏与元朝中央政权的第一个联 系人。1247年，他以63岁高龄应召到凉州(今甘肃武烕)，会见元室阔端皇太子(成 吉思汗之孙)，议定西藏地域归顺元室的前提，由萨班致书西藏各地僧俗领袖，挽劝归顺元室。其时西藏各派政教权力承受了那些前提，西藏从此正式归入中国版 图，成为由中央间接管辖的一级行政处所。
萨迦派也因之而获得元室的信赖和在 西藏地域的指导地位。1251年，萨班逝世，其侄八思巴继承他的法位。萨迦寺的贡却杰布（左）、萨班（中）和八思巴（右）像八思巴法名洛珠坚赞，意为“慧幢”。因为他从小就聪颖过人，被称为“八 思巴”（圣者、神童之意)。
1253年，元世祖忽必烈闻其名，召之陪侍摆布，并从其 受佛戒。元中统元年(1260年）封国师，赐玉印。至元元年(1264年）领总造院事， 掌管全国释教和藏族地域事务。至元二年（1265年）衔命返回萨迦筹建西藏处所 政权，扩建了萨迦北寺和新建萨迦南寺。
至元五年（1268年）又奉忽必烈之命创造蒙古新字，次年颁行全国，即有名的“八思巴文”。不久加封为帝师、大宝法 王，管辖西藏13个“万户”（处所政权）。至元十三年（1276年）再次返藏，那时 南寺已经落成，他聚集藏区僧徒7万余人，举行曲弥法会，自任第一代萨迦法王。
同时设立萨迦“本钦”一职，办理西藏13万户的行政事务，成立萨迦王朝，实行 “僧俗并用，军民兼摄”，是为西藏实行贵族僧侣统治(政教合一轨制)之始。萨迦王朝统治全藏达70余年。至元十七年（1280年）八思巴逝于萨迦。据传 他的骨灰盒藏在大殿那尊庞大的释迦牟尼佛像肚子里。
从八思巴起头，元朝创始 了录用帝师的做法，以后共封赠14个帝师，大多为萨迦派的人。到14世纪中期， 元王朝式微，萨迦派失去靠山，又因内部争夺势力发作纠葛，其权力便逐步陵夷下来。西藏处所的政教实权遂被噶举派的帕木竹巴处所权力代替执掌。但萨迦法 王仍保有萨迦处所的政教权利，不断到1959年，传至第82代。
所以，萨迦寺内除 了寺院外，还有一些官厅府邸之类的建筑。